Najnowsze osiągnięcia w dziedzinie metod molekularnych pozwoliły ujawnić, że przewód pokarmowy (GI) psów i kotów jest siedliskiem dla wysoce złożonego ekosystemu, na który składa się kilkaset róznych rodzajów bakterii. Właśnie zaczynamy rozumieć jak te drobnoustroje i organizm gospodarza oddziałują na siebie i jak ich wpływ wykracza poza przewód pokarmowy. Artykuł ten omawia najnowsze badania katalogujące filotypy drobnoustrojów zidentyfikowanych w przewodach pokarmowych zdrowych psów i kotów oraz to jakim zmianom ulega ten ecosystem w stanach chorobowych przewodu pokarmowego.