Układ odpornościowy błon śluzowych jest pierwszą linią obrony przed wtargnięciem patogenów, ale w tym samym czasie musi zachować tolerancję względem komensali oraz antygenów pokarmowych w świetle jelita. Wznajemne oddziaływanie wrodzonej odpowiedzi immunologicznej oraz mikroorganizmów komensalnych jest zasadnicze dla tego procesu. Uczyniono znaczny postęp w identyfikacji części predyspozycji genetycznych będących podłożem nieswoistego zapalenia jelit (IBD) u okreslonych ras, takich jak Owczarek niemiecki. Niektóre marker immunoologiczne, takie jak oznaczanie poziomu cytokine, badanie imunohistochemiczne ekspresji p-glikoproteiny, okołojądrowe przeciwciała przeciw cytoplazmie neutrofilów oraz PCR w kierunku zmiany rozkładu receptorów antygenowych, są omówione pod kątem przydatności klinicznej w diagnostyce i terapii IBD.