Z przewodem pokarmowym związany jest dobrze rozwinięty lokalny układ odpornościowy, którego rozwój jest uzalezniony od ustanowienia mikroflory jelitowej. Układ odpornościowy związany ze śluzówką jelitową jest konieczny do rozpoznawania i właściwego “reagowania” na różne grupy antygenów poprzez zdecydowaną odpowiedź na potencjalne patogeny oraz unikanie nadmiernej reakcji na nieszkodliwe antygeny pokarmowe. Duża częstość występowania alergicznych reakcji pokarmowych oraz niedostatek szczepionek działających na błony sluzowe podkreslają trudności związane z kontrolowaniem i modyfikowaniem tych odpowiedzi.